Asamblea General, órgano supremo de gobierno del que forman parte, en pie de igualdad, todas las empresas asociadas.

Junta Directiva, elegida por la Asamblea General cada cuatro años mediante sufragio libre y secreto. Esta constituida por:

Presidente: José María Gutiérrez de la Torre (Ediciones de la Torre)
Vicepresidente 1º: Miguel Barrero Maján (Grupo Santillana)
Vicepresidente 2º: Juan Carlos Franquet Casas (Thomson Aranzadi)
Tesorero: Miguel Á. Otero Blázquez (Biblioteca de Autores Cristianos)
Vocales:

Secretaría General, oficina ejecutiva de los acuerdos adoptados por los órganos representativos de la AEM.

Comisiones. Para asegurar la plena participación de las empresas agremiadas en ámbitos de interés específico, actúan en la Asociación las siguientes:

Pequeñas Editoriales. A través de sus reuniones mensuales mantiene un relevante papel de coordinadora de la participación de las pequeñas editoriales en la Asociación y demás instituciones sectoriales, e impulsora de fórmulas de cooperación entre las empresas para una mayor eficacia en su gestión. A su iniciativa se deben, entre otras acciones, la Revista Bibliodiversidad, la Fiesta y Premios Bibliodiversidad y el Catálogo Bibliodiversidad..

Presidente: Ramiro Domínguez (Silex Ediciones).

Comercio Exterior, para el estudio de la participación de los agremiados en ferias internacionales, misiones comerciales y otras acciones de promoción exterior.

Coordinadora: Itziar Latorre (Nuevas Estructuras)

Editores del Libro Religioso, constituida en octubre de 1999 con el objetivo de encontrar en la Asociación el cauce propicio para el debate y resolución de los problemas específicos que afectan a este importante colectivo, con atención prioritaria a sus especiales características de comercialización.

Coordinadora: Carmen Deleyto (Ediciones Palabra)

Nuevas Tecnologías. Comisión para el estudio y debate de los retos y oportunidades que ofrecen las nuevas tecnologías, con especial atención al proyecto del Distribuidor de Información de Libros en Venta (DILVE).

Coordinador: José Mª Arizcun (Ediciones Miraguano)

Editores Científicos, Técnicos y Académicos. La Comisión, abierta a la participación de los editores de todos los gremios federados, estudia aquellas cuestiones que afectan de manera directa al colectivo y la propuesta de iniciativas y medidas para afrontar los procesos de innovación educativa.

A su iniciativa se deben el Catálogo Multieditorial de Libros de Empresa y la participación en el Seminario La edición universitaria y la construcción del Espacio Europeo de Educación Superior.

Coordinador: Joaquín Díaz (Ediciones Díaz de Santos)

Asignación de Recursos a Comisiones. Grupo de trabajo para el estudio de las propuestas de acciones anuales propias de las distintas Comisiones de la Asociación.

Coordinador: Federico Ibáñez (Editorial Castalia)